CORRELATION BETWEEN SEQUENCING RESULTS ON PLASMA AND ON DRIED BLOOD SPOT FOR THE DETERMINATION OF NON-B SUBTYPES OF HIV TYPE 1 IN N’DJAMENA, CHAD

CHATTÉ ADAWAYE, ERICK NTAMBWE KAMANGU, FABRICE SUSIN, DOLORES VAIRA, ABDELSALAM TIDJANI

Abstract


Objective: The aim of this study was to evaluate the sensitivity of DBS on samples from Chadian patients infected with non-B subtypes of HIV Type 1.

Methods: The blood of 50 patients living with HIV was drawn on a tube with EDTA and 30 of them were randomly put on Whatman® 903 type DBS. The drying was done overnight at room temperature. Storage was done at -20 ° C. Viral RNA extraction was performed with the QiAamp Viral RNA mini kit. The viral load on DBS and on plasma was carried out at LRS CHU-ULg. The determination of the variants was obtained after analysis on the Stanford University/HIV Drug Resistance Database site. The interpretation of the resistances is made in accordance with the algorithm of the ANRS AC11.

Results: An amplification rate of 80% is obtained on the DBS with a detection limit of the blotter is 3.33 log10 copies of RNA/ml. The subtypes obtained on the Protease sequences, which is the least changing region of the virus were retained. CRF02_AG is the most represented both on DBS with 29.17% and on plasma with 30.23%. Sequencing on DBS showed the presence of the K subtype (12.5%) at the level of the Reverse Transcriptase while it is absent in the plasma after sequencing.

Conclusion: An amplification success rate of 80% compared to plasma was observed in this study. However, DBS can be useful for the evaluation of antiretroviral therapy for non-B subtypes.


Keywords


Sequencing, plasma, DBS, HIV, N’Djamena.

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